查理二世为查理一世与亨莉雅妲·玛利亚王后的长子。1630年5月29日(新历1630年6月8日)生于圣詹姆斯宫。从出世起，查理二世即为康沃尔公爵、罗撒西公爵、切斯特伯爵、卡里克伯爵与伦弗鲁男爵 。

　　查理那野心勃勃的母亲为了给自己唯一的儿子争取一块领地而积极活动。在她的怂恿下，路易一世赐给查理一块单独的封地（开始是阿勒曼尼亚，后来是比利牛斯山和默兹之间的地区），但这损害了查理两位异母兄弟洛泰尔和日耳曼人路易的利益。洛泰尔和路易联合起来反抗他们的父亲，引发了一场最终使法兰克帝国分裂的内战。秃头查理和他的兄弟们长期作战，最后在843年签订凡尔登条约结束了战争。三人将帝国瓜分；秃头查理获得了帝国的西部，从那时开始这片领土逐渐与帝国的东部走上了不同的发展道路，形成了日后的法国。1649年2月5日，苏格兰人宣告查理二世为爱丁堡国王，1650年抵达爱丁堡。

　　1645年，15岁的查理被其父派往西英格兰担任名义上的总司令。咄咄逼人的议会军把他逼得走投无路，最后他不得不离开英国，最后在其父的命令下去巴黎与母亲汇合。1648年第二次内战起的时候他担任了背叛议会军的兵舰的司令，但是被迫返回荷兰的基地，在那里得到父亲被处决的消息。以后的11年间他致力于夺回苏格兰和英格兰王位。

　　查理1650年回到苏格兰，受到了誓约派的不体面支持，但是克伦威尔在邓巴大捷后，查理的身价高涨起来，他被加冕为苏格兰国王，同年8月，入侵英格兰，但在伍斯特一战全军覆灭。后来他在英国各地流浪了40多天，形同乞丐，还曾在树上过夜。1651年10月到达法国，法国和荷兰都拒绝接纳他。转而去西班牙，欧洲各国的君主都对他不感兴趣。在这段流亡生活中，他穷困潦倒，有时连住旅馆的钱都没有。有了钱就尽情享受，也因此精通各种艺术。他的母亲和姐妹曾劝他改奉天主教，但被他拒绝。

　　1658年克伦威尔去世，由其子理查·克伦威尔继称护国公。理查无力镇压反叛的贵族与军官，英国政坛混乱，国会遂声明由君主制复辟，查理二世因此得以返回英国。

　　1660年，查理二世在多佛登陆，回到伦敦。1661年4月，即位为不列颠国王；在首席大臣海德的斡旋下，只处死了九名签署其父王查理一世死刑命令的圆颅党人。1678年，借“天主教阴谋案”将议会中的天主教徒清除出去。1679年，签署“人权保护法”。

　　查理在1660年4月4日发表的《布雷达宣言》中说，他登基后所有的基督徒将享有“良心的自由”，除了追究处死其父的凶手之外他将不念旧恶赦免一切。保障宗教自由并保持在革命期间所获得的财产的所有权。答应同议会共同管理国家。国王不设常备军，只有王宫卫队和驻扎在苏格兰、爱尔兰各据点的人数较少的部队。王室土地在革命时期已被拍卖，在财政方面完全依靠议会，议会在所谓王室费项目下规定一定的款项来维持国王及宫廷的开支。这让他赢得很多人的支持。他和他骄傲的父亲不同，是个脾气随和的人，对不同的宗教信仰持很宽容态度，极力在旧英格兰教会的热心支持者与帮助他复辟的长老派之间求得一致。但是由国教徒控制的议会抵制了国王的宽容。谈判破裂，新的祈祷书出来了，另有两千多名教士离开了自己的教区。

　　查理在1661年4月加冕，一年后与葡萄牙国王若昂四世之女凯瑟琳结婚。得到了80万英镑的陪嫁和丹吉尔和孟买。但他1662年将战略意义更大的港口敦刻尔克以40万英镑卖给了法国太阳王路易十四。他的大臣主要是跟他长年流亡的老王党人，还有负责复辟一事的乔治·蒙克将军，后来被封为阿尔比马尔公爵。当时荷兰已经从对克伦威尔的失败中恢复过来，还把船只开到了印度。1665年出于海军和商业的竞争议会向国王施加压力要他对荷兰开战（第二次英荷战争），但是国王却没有多大的兴趣。虽然克伦威尔时期的海军强大，但是由于英国的瘟疫、伦敦大火以及议会的吝啬，战争最后还是荷兰胜利，这让英国民众对国王感到失望。

　　经过几年的外交斡旋，查理决心报复荷兰，他开始与法国结盟，根据1670年与法国签订的密约，查理与法国一起对荷兰发动战争，并在合适的时候宣布自己为罗马天主教徒，而法国要承担财政方面的补助，并在胜利后将荷兰的港口送给英国人。由于议会还是拒绝拨款，查理不通知议会就开始了战争（第三次英荷战争）。法国陆军长驱直入荷兰，但是查理的海军却很难有进展。而议会却日益的反对法国、反对天主教，议会进而要求查理撤回发布的信教自由宣言，要求国王同意审查条例（第一审查条例）以排除罗马天主教徒担任任何政府职务。国王虽然按照议会的要求作了但是还是没有获得拨款。查理无奈之下只能与荷兰议和。而议会却要求国王对法国开战，而查理则在试图调解法国和荷兰的关系，但是迫于议会的压力，他只能同意荷兰的奥伦治王子威廉与他的侄女玛丽（玛丽二世）结婚，这样对法国形成战争威胁。

　　查理设法建立一支小规模的常备军，但是议会担心他因此而进行独裁统治，尽管他在位时这一阶段还没有这种打算。当时国内的反天主教形势正在高涨，这让他处理国内事务非常困难。查理的弟弟约克公爵詹姆士就因为前述的第一个审查条例通过之后辞去所有政府职务而公开皈依罗马天主教，接着又娶了罗马天主教徒的意大利公主续弦；王后是天主教徒，查理的主要情妇法国的朴次茅斯公爵夫人也是天主教徒。人们因而怀疑国王对法国有所许诺。1678年夏天发假誓的报信人透露了一桩“天主教阴谋案”，虽然查理坚持说这这是个阴谋，但还是导致约克公爵夫人的秘书科尔曼以及其他很多天主教耶稣会会士被处死。1674年的时候财政大臣丹比伯爵也受到被检举的威胁，因为下院认为丹比应该为国王的亲法政策负责，虽然他跟此没有什么关系。1679年查理第一次解散了任职18年的原先的查理一世的保皇党议会。但是议会解散前通过了将罗马天主教徒从上、下议院中驱逐出去的第二个审查条例。

　　1679年春天新的议会开始了，但是他们提出一项排斥约克公爵继位权的法案，但是查理决定抵制这项法案，在支持国王的托利党与肆无忌惮的沙夫茨伯里领导的辉格党之间进行了长达两年的斗争。查理通过对上院施加影响，阻止了这项排斥法案的通过 1680年查理在位期间的第四次议会开会时，下院再次表决通过排斥法案，查理解散议会。

　　1681年查理召集第五次议会，对辉格党施加军事压力，虽然担心内战，但是查理与法国国王达成秘密协议，一旦发生叛乱，法王将给与支持。由于辉格党被指控为策划暗杀国王，托利党的影响慢慢恢复，辉格党的阴谋被称为“拉伊豪斯阴谋”。国王利用自己的影响并把与自己友好的官员安插在中央和地方的主要职务上，国王粉碎了辉格党，辉格党的主要领袖沙夫茨伯里伯爵死于荷兰。

　　查理的最后的四年统治时期平安无事，因为他从关税和执照税中增加了岁入，财政问题不再有；维持了一支赖以生存的常备军；弟弟约克公爵实际上也恢复了海军大臣的职务。