奥托是巴伐利亚国王路德维希一世与萨克森-希尔德堡豪森的特丽莎的次子，1815年出生于奥地利帝国的萨尔茨堡。他的长兄后来成为巴伐利亚国王马克西米利安二世，他的三弟后来成为巴伐利亚摄政王柳特波德。经由他的远祖巴伐利亚-慕尼黑公爵约翰二世，他是拜占廷帝国科穆宁皇朝和拉斯卡里斯皇朝的后裔。

　　1831年，当时的希腊总督约安尼斯·卡波蒂斯特里亚斯遇刺，希腊陷入无政府状态。1832年5月的伦敦和会上，列强（英、法、俄）决定：希腊成为独立的君主国，国王为巴伐利亚17岁的小王子奥托。国王的继承人为奥托的后代，如果没有后代奥托的弟弟及其后代为希腊国王的继承人。希腊和巴伐利亚的王位不得由一人兼任。奥托的称号是希腊的国王，而不是希腊人民的国王，这意味着仍有上百万的希腊人在土耳其的统治下。

　　1833年2月6日，奥托王子在三个摄政和三千五百名巴伐利亚军队的陪同下在有六千名希腊居民的新首都纳夫普利翁登陆。他是乘英国护卫舰HMS马达加斯加号由英、法、俄三国海军护送来的。

　　由于奥托一世尚未成年，希腊由摄政委员会执政。摄政委员会由三名巴伐利亚摄政组成，分别是枢密院主席约瑟夫·路德维希·冯·阿尔芒斯佩格（Joseph Ludwig von Armansperg）、格奥尔格·路德维希·冯·毛莱尔（Georg Ludwig von Maurer）、卡尔·冯·阿贝尔（Karl von Abel）。三个摄政主张专制统治，且能力平庸。直到1835年，奥托一世国王年满20岁，开始执政。

　　希腊人很快发现他们的税收比土耳其统治时代加重了，巴伐利亚主要倚赖向英、法、俄借款过日子，对希腊人征税繁重、管理混乱。奥斯曼帝国的暴政换为了外国的官僚统治，他们鄙夷地将其称为“巴伐利亚官僚制”。希腊人仍没有发言权，甚至连选举地方官吏的权利也没有。摄政们禁止出版物的发行，使他们更加不得民心。

　　1833年8月，摄政们建立了独立于君士坦丁堡牧首的希腊东正教会。奥托一世是一位坚定的天主教徒，拒绝改宗东正教，使他在一部分虔诚的希腊教徒的眼中被视为异端。

　　1834年12月13日，希腊政府迁至雅典。虽然当时的雅典只有一万名居民，废墟比房屋更多。这个选择得到了多数希腊人的同意。

　　1835年，奥托一世被西班牙国王授予西班牙金羊毛骑士团骑士勋章。